MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Halorhodospira halophila SL1 chromosome

Total Repeats: 61747

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008789	CGA	2	6	61	66	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996811
2	NC_008789	GCCC	2	8	72	79	0 %	0 %	25 %	75 %	121996811
3	NC_008789	CGA	2	6	121	126	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996811
4	NC_008789	CTC	2	6	149	154	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121996811
5	NC_008789	CAG	2	6	179	184	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996811
6	NC_008789	GAG	2	6	200	205	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121996811
7	NC_008789	GC	4	8	246	253	0 %	0 %	50 %	50 %	121996811
8	NC_008789	GAAG	2	8	346	353	50 %	0 %	50 %	0 %	121996811
9	NC_008789	CGAT	2	8	389	396	25 %	25 %	25 %	25 %	121996811
10	NC_008789	GC	3	6	457	462	0 %	0 %	50 %	50 %	121996811
11	NC_008789	GAC	2	6	482	487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996811
12	NC_008789	GCA	2	6	534	539	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996811
13	NC_008789	CG	3	6	551	556	0 %	0 %	50 %	50 %	121996811
14	NC_008789	CAGC	2	8	687	694	25 %	0 %	25 %	50 %	121996812
15	NC_008789	CGG	2	6	697	702	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996812
16	NC_008789	CAG	3	9	714	722	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996812
17	NC_008789	GCC	2	6	757	762	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996812
18	NC_008789	GGC	2	6	828	833	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996812
19	NC_008789	TGG	2	6	874	879	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121996812
20	NC_008789	CGT	2	6	914	919	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996812
21	NC_008789	CG	3	6	948	953	0 %	0 %	50 %	50 %	121996812
22	NC_008789	CCT	2	6	968	973	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121996812
23	NC_008789	GCA	2	6	1022	1027	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996812
24	NC_008789	GC	3	6	1055	1060	0 %	0 %	50 %	50 %	121996812
25	NC_008789	CTG	2	6	1074	1079	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996812
26	NC_008789	CCGA	2	8	1183	1190	25 %	0 %	25 %	50 %	121996812
27	NC_008789	GGC	3	9	1196	1204	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996812
28	NC_008789	GTC	2	6	1233	1238	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996812
29	NC_008789	TCAA	2	8	1315	1322	50 %	25 %	0 %	25 %	121996812
30	NC_008789	CCT	2	6	1337	1342	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121996812
31	NC_008789	TCC	2	6	1363	1368	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121996812
32	NC_008789	AC	3	6	1376	1381	50 %	0 %	0 %	50 %	121996812
33	NC_008789	GCG	2	6	1414	1419	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996812
34	NC_008789	CCT	2	6	1421	1426	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121996812
35	NC_008789	GTG	2	6	1435	1440	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121996812
36	NC_008789	GCCA	2	8	1452	1459	25 %	0 %	25 %	50 %	121996812
37	NC_008789	TGG	2	6	1475	1480	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121996812
38	NC_008789	GCC	2	6	1558	1563	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996812
39	NC_008789	TGG	3	9	1678	1686	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121996812
40	NC_008789	GAC	2	6	1704	1709	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996812
41	NC_008789	TCGA	2	8	1717	1724	25 %	25 %	25 %	25 %	121996812
42	NC_008789	CGA	2	6	1743	1748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996812
43	NC_008789	CGC	2	6	1757	1762	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996812
44	NC_008789	GAT	2	6	1794	1799	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121996812
45	NC_008789	CGT	2	6	1815	1820	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996812
46	NC_008789	CAGG	2	8	1830	1837	25 %	0 %	50 %	25 %	121996812
47	NC_008789	GCG	2	6	1850	1855	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996812
48	NC_008789	CGG	2	6	1860	1865	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996812
49	NC_008789	GCT	2	6	1916	1921	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996812
50	NC_008789	GCG	2	6	1949	1954	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996812
51	NC_008789	CCG	3	9	2018	2026	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996812
52	NC_008789	CAC	3	9	2100	2108	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121996812
53	NC_008789	CGC	2	6	2129	2134	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996812
54	NC_008789	CAG	2	6	2172	2177	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996812
55	NC_008789	CTC	2	6	2178	2183	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121996812
56	NC_008789	GGC	2	6	2184	2189	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996812
57	NC_008789	GC	3	6	2232	2237	0 %	0 %	50 %	50 %	121996812
58	NC_008789	GTAG	2	8	2247	2254	25 %	25 %	50 %	0 %	121996812
59	NC_008789	GCAC	2	8	2278	2285	25 %	0 %	25 %	50 %	121996812
60	NC_008789	GCC	2	6	2342	2347	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996812
61	NC_008789	GCC	2	6	2400	2405	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996812
62	NC_008789	GC	3	6	2426	2431	0 %	0 %	50 %	50 %	121996812
63	NC_008789	AGG	2	6	2458	2463	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121996812
64	NC_008789	GCG	2	6	2482	2487	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996812
65	NC_008789	CGC	2	6	2516	2521	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996812
66	NC_008789	GGC	2	6	2627	2632	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996813
67	NC_008789	CGG	2	6	2678	2683	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996813
68	NC_008789	GCG	2	6	2732	2737	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996813
69	NC_008789	CGG	2	6	2855	2860	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996813
70	NC_008789	G	7	7	2901	2907	0 %	0 %	100 %	0 %	121996813
71	NC_008789	TCCA	2	8	2970	2977	25 %	25 %	0 %	50 %	121996813
72	NC_008789	GCA	2	6	3021	3026	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996813
73	NC_008789	GAT	2	6	3056	3061	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121996813
74	NC_008789	CGC	2	6	3062	3067	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996813
75	NC_008789	GGC	2	6	3128	3133	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996813
76	NC_008789	TCC	2	6	3138	3143	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121996813
77	NC_008789	GTG	2	6	3243	3248	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121996813
78	NC_008789	CGA	2	6	3283	3288	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996813
79	NC_008789	CGG	2	6	3346	3351	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996813
80	NC_008789	GGC	2	6	3473	3478	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996813
81	NC_008789	CCA	2	6	3529	3534	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121996813
82	NC_008789	CTG	2	6	3552	3557	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996813
83	NC_008789	G	6	6	3566	3571	0 %	0 %	100 %	0 %	121996813
84	NC_008789	ATC	2	6	3612	3617	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121996813
85	NC_008789	CCG	2	6	3618	3623	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996813
86	NC_008789	AGC	2	6	3691	3696	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996813
87	NC_008789	CGG	2	6	3731	3736	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996813
88	NC_008789	CG	3	6	3814	3819	0 %	0 %	50 %	50 %	121996814
89	NC_008789	GC	4	8	3941	3948	0 %	0 %	50 %	50 %	121996814
90	NC_008789	GCC	2	6	3966	3971	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996814
91	NC_008789	GGT	2	6	4035	4040	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121996814
92	NC_008789	GCA	2	6	4052	4057	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996814
93	NC_008789	GCC	2	6	4077	4082	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996814
94	NC_008789	CCG	2	6	4135	4140	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996814
95	NC_008789	GCC	2	6	4264	4269	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996814
96	NC_008789	CA	3	6	4371	4376	50 %	0 %	0 %	50 %	121996814
97	NC_008789	GCG	2	6	4398	4403	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996814
98	NC_008789	AGC	2	6	4445	4450	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996814
99	NC_008789	TCCGT	2	10	4526	4535	0 %	40 %	20 %	40 %	121996814
100	NC_008789	GTTG	2	8	4611	4618	0 %	50 %	50 %	0 %	121996814
101	NC_008789	GCG	2	6	4634	4639	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996814
102	NC_008789	TGT	2	6	4706	4711	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121996815
103	NC_008789	GTC	2	6	4712	4717	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996815
104	NC_008789	CGG	2	6	4724	4729	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996815
105	NC_008789	C	8	8	4774	4781	0 %	0 %	0 %	100 %	121996815
106	NC_008789	GTC	2	6	4932	4937	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996815
107	NC_008789	GCGT	2	8	4951	4958	0 %	25 %	50 %	25 %	121996815
108	NC_008789	GCT	2	6	4961	4966	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996815
109	NC_008789	CGGG	2	8	4982	4989	0 %	0 %	75 %	25 %	121996815
110	NC_008789	CGT	2	6	5009	5014	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996815
111	NC_008789	CG	3	6	5030	5035	0 %	0 %	50 %	50 %	121996815
112	NC_008789	GGA	2	6	5108	5113	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121996815
113	NC_008789	ACC	2	6	5157	5162	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121996815
114	NC_008789	CGAC	2	8	5182	5189	25 %	0 %	25 %	50 %	121996815
115	NC_008789	GCT	2	6	5208	5213	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996815
116	NC_008789	GAGC	2	8	5246	5253	25 %	0 %	50 %	25 %	121996815
117	NC_008789	CCTCG	2	10	5297	5306	0 %	20 %	20 %	60 %	121996815
118	NC_008789	ATT	2	6	5307	5312	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	121996815
119	NC_008789	GAT	2	6	5331	5336	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121996815
120	NC_008789	ACG	2	6	5434	5439	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996815
121	NC_008789	GCC	2	6	5440	5445	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996815
122	NC_008789	ACA	2	6	5479	5484	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	121996815
123	NC_008789	GCC	2	6	5504	5509	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996815
124	NC_008789	CGGG	2	8	5528	5535	0 %	0 %	75 %	25 %	121996815
125	NC_008789	CGT	2	6	5536	5541	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996815
126	NC_008789	GCC	2	6	5547	5552	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996815
127	NC_008789	CCA	2	6	5606	5611	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121996815
128	NC_008789	GGA	2	6	5663	5668	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121996815
129	NC_008789	CGAG	2	8	5677	5684	25 %	0 %	50 %	25 %	121996816
130	NC_008789	TCA	2	6	5691	5696	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121996816
131	NC_008789	ACC	2	6	5726	5731	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121996816
132	NC_008789	TGC	2	6	5754	5759	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996816
133	NC_008789	GCGCG	2	10	5827	5836	0 %	0 %	60 %	40 %	121996816
134	NC_008789	G	6	6	5995	6000	0 %	0 %	100 %	0 %	121996816
135	NC_008789	TGCTG	2	10	6028	6037	0 %	40 %	40 %	20 %	121996816
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265	NC_008789	GAC	2	6	12157	12162	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996822
266	NC_008789	GGT	2	6	12178	12183	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121996822
267	NC_008789	GCG	2	6	12192	12197	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996822
268	NC_008789	GTC	2	6	12287	12292	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996822
269	NC_008789	CGT	2	6	12340	12345	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996822
270	NC_008789	TTC	2	6	12422	12427	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121996822
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272	NC_008789	TC	3	6	12496	12501	0 %	50 %	0 %	50 %	121996822
273	NC_008789	C	6	6	12542	12547	0 %	0 %	0 %	100 %	121996822
274	NC_008789	GATC	2	8	12586	12593	25 %	25 %	25 %	25 %	121996822
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385	NC_008789	CGATGT	2	12	18595	18606	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	121996828
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388	NC_008789	CG	3	6	18726	18731	0 %	0 %	50 %	50 %	121996828
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